В соответствии с решением Правительства РФ Всероссийский детский центр «Орлёнок» включён в государственный реестр особо охраняемых объектов. Функции охраны выполняют сотрудники роты полиции №2 ОВО по Туапсинскому району филиала ФГКУ УВО Войск национальной гвардии России по Краснодарскому краю и служба обеспечения внутриобъектового режима центра (СОВР).
Служба обеспечения безопасности на водных объектах работает в тесном взаимодействии со специалистами Туапсинского аварийно-спасательного отряда «Кубань-Спас» и обеспечивает безопасность детей, гостей и сотрудников центра при организации купания.
Отдел охраны труда и окружающей среды обеспечивает исполнение и реализацию всех инструктивных документов по охране жизни и здоровья детей и сотрудников. Отдел координирует разработку инструкций по различным видам деятельной активности детей в центре.
Отдел по делам гражданской обороны и чрезвычайным ситуациям обеспечивает мониторинг состояния системы противопожарной безопасности, готовности детей и сотрудников к возникновению чрезвычайных ситуаций техногенного и природного характера.
Управление охраны здоровья обеспечивает медицинскую безопасность детей, профилактику детских инфекционных заболеваний и развертывание необходимых мероприятий в случае их возникновения. В составе управления более 100 специалистов: врачей, среднего и младшего медицинского персонала.
Педагогические работники проходят специальное обучение и переподготовку по обеспечению безопасного пребывания ребенка в центре.
Все образовательные, оздоровительные, спортивные, культурные и иные мероприятия с детьми осуществляются под руководством квалифицированных педагогов-специалистов (инструкторов), воспитателей и медицинских работников, в строгом соответствии с разработанными инструкциями, составляющими Сборник нормативно-правовых документов «Охрана жизни и здоровья, обеспечение безопасной жизнедеятельности детей во Всероссийском детском центре «Орлёнок».
В соответствии с этим положением Всероссийский детский центр «Орлёнок» является закрытой рекреационной территорией, доступ на которую разрешен только по специально оформленным пропускам или по предъявлению паспорта гражданина Российской Федерации в случае обоснованного доказательства необходимости пребывания на территории центра.
На территории каждого детского лагеря организованы круглосуточные посты сотрудников СОВР, оснащённые средствами радио- и телефонной связи. В период подготовки и проведения массовых мероприятий принимаются меры антитеррористической направленности. По всей территории Центра осуществляется патрулирование сотрудниками УВО при ГУВД Краснодарского края.
В период поездок ребят в исторические центры Краснодарского края безопасность переезда на автотранспорте центра обеспечивают сотрудники Управления безопасности дорожного движения при ГУВД по Краснодарскому краю.
Особое внимание уделяется пожарной безопасности отдыхающих детей. На территории центра расквартирована и работает пожарная часть №58 Туапсинского отделения МЧС России. Все детские лагеря оснащены современными системами оповещения и пожаротушения. В каждой смене с ребятами проводятся в виде игры учебные тренировки, в которых отрабатываются способы эвакуации и поведения в случае возникновения угрозы чрезвычайной ситуации или пожара. Все сотрудники центра проходят специальную подготовку по обеспечению мер безопасности в любой угрожающей ребенку ситуации.
Безопасность на воде обеспечивает специально созданный для этих целей Туапсинский аварийно-спасательный отряд, филиал Краснодарского краевого центра «Кубань-Спас». Отряд оснащен самым современным оборудованием для проведения спасательных работ во время морских купаний и выхода детей в туристические походы.
В Центре сделано всё, чтобы ребёнок провёл время интересно и безопасно, не ощущая заботу взрослых о его безопасности.